Mengingat kaitan erat antara merokok dengan kanker, YKI sejak lama telah melakukan kegiatan "kampanye anti rokok" dengan berbagai kegiatan seperti penerbitan Buletin Rokok rutin per tiga bulan, Klinik Berhenti Merokok membuat brosur, stiker dan kaos berlogo anti rokok serta mengadakan lomba poster dan lomba penulisan artikel tentang rokok di media cetak oleh wartawan. Berbagai kegiatan tersebut dimaksudkan untuk menggugah kesadaran masyarakat agar jangan mulai merokok bagi orang yang belum merokok dan agar berhenti merokok bagi para perokok. Berkat aktivitas dalam kampanye anti rokok, pada tanggal 31 Mei 1990 YKI memperoleh penghargaan dan WHO yaitu "Commemorative Certificate and Medal on World No Tobacco Day". Selain itu YKI juga memperoleh "Tobacco or Health Medal 1990" dari WHO South East Asia Region.

Untuk memenuhi himbauan WHO agar penanggulangan masalah merokok mendapatkan perhatian dan negara-negara anggota, sebagai langkah konkret YKI dan beberapa LSM seperti Yayasan Jantung Indonesia, Yayasan Asma Indonesia, Yayasan Stroke Indonesia, Wanita Indonesia Tanpa Tembakau dan lain-lain telah membentuk Komite Nasional Penanggulangan Masalah Merokok pada tanggal 29 Oktober 1998.

Sebagai pelaksanaan Program Komite Nasional tersebut di YKI dibentuk Unit Penanggulangan Masalah Merokok yang bertugas mengadakan penyuluhan, penerangan dan himbauan kepada masyarakat tentang bahaya merokok, penanggulangan masalah merokok, khususnya di kalangan anak muda.

Untuk itu, Unit Rokok YKI mempunyai mitra kerja mahasiswa dan 5 Perguruan Tinggi, yaitu Fak. Kedokteran Univ. Indonesia, Fak. Kedokteran Univ. Yarsi, Fak. Kedokteran Univ. Atmajaya, Fak. Kedokteran Univ. DR. Moestopo Beragama dan Fak. Kedokteran Univ.. Pajajaran Bandung, di mana cakupan kerja YKI dapat meluas ke Sekolah Dasar, Sekolah Menengah Pentama & Sekolah Menengah Umum tergantung daerah binaan dan masingmasing Universitas mitra YKI tersebut.